| 樹種 | 科名 | 市町村 | 名称 | 天然記念物指定 |
|---|---|---|---|---|
| タブ | クスノキ科 | 鶴岡市 | 馬場町のタブの木(鶴岡市） | 県指定 |
| クスノキ科 | 遊佐町 | 吹浦三崎山のタブ林（遊佐町） | 県指定 | |
| カツラ | カツラ科 | 山形市 | 松尾山のカツラ（山形市） | 市町村指定 |
| カツラ科 | 寒河江市 | 桂の古木（寒河江市） | 市町村指定 | |
| カツラ科 | 西川町 | 西川町吉川の千本カツラ | ||
| カツラ科 | 東根市 | 大滝のカツラ（東根市） | 県指定 | |
| カツラ科 | 大石田町 | 向川寺の大カツラ（大石田町） | 県指定 | |
| サイカチ | マメ科 | 山形市 | 霞城公園のサイカチ（山形市） | |
| マメ科 | 川西町 | 洲島のサイカチ（川西町） | 市町村指定 | |
| エドヒガン | バラ科 | 山形市 | 霞城のサクラ（山形市） | 市町村指定 |
| バラ科 | 中山町 | お達磨の桜（中山町） | 県指定 | |
| バラ科 | 長井市 | 伊佐沢の久保サクラ（長井市） | 国指定 | |
| バラ科 | 白鷹町 | 薬師ザクラ（白鷹町） | 県指定 | |
| バラ科 | 白鷹町 | 釜の越ザクラ（白鷹町） | 県指定 枯死解除 | |
| イヌザクラ | バラ科 | 天童市 | 小原のイヌザクラ（天童市） | 市町村指定 |
| ハルニレ | ニレ科 | 天童市 | 元諏訪神社のハルニレ群（天童市） | 市町村指定 |
| ニレ科 | 三川町 | 青山神社のハルニレ（三川町） | 市町村指定 | |
| ケヤキ | ニレ科 | 山形市 | 六椹八幡宮のケヤキ（山形市） | |
| ニレ科 | 天童市 | 薬師神社ケヤキ林（天童市） | 市町村指定 | |
| ニレ科 | 天童市 | 大清水の大ケヤキ（天童市） | 市町村指定 | |
| ニレ科 | 天童市 | 熊野神社の大ケヤキ（天童市） | 市町村指定 | |
| ニレ科 | 河北町 | 溝延の大ケヤキ（河北町） | 県指定 | |
| ニレ科 | 河北町 | 熊野神社の大欅（河北町） | 市町村指定 | |
| ニレ科 | 大江町 | 柳川の大欅（大江町） | ||
| ニレ科 | 村山市 | 愛宕神社のケヤキ林（村山市） | 県指定 | |
| ニレ科 | 東根市 | 東根の大ケヤキ(東根市） | 国指定 | |
| ニレ科 | 長井市 | 白山神社の大ケヤキ（長井市） | 市町村指定 | |
| ニレ科 | 鶴岡市 | 文下のケヤキ（鶴岡市） | 国指定 | |
| ニレ科 | 鶴岡市 | 六所神社ケヤキ（旧藤島町） | 市町村指定 | |
| ニレ科 | 鶴岡市 | 本田のケヤキ（鶴岡市） | 市町村指定 | |
| ニレ科 | 庄内町 | 廻楯の大欅（旧余目町） | 市町村指定 | |
| ニレ科 | 三川町 | 山の神のケヤキ（三川町） | 市町村指定 | |
| ニレ科 | 酒田市 | 山楯の大欅（旧平田町） | 県指定 | |
| ムクノキ | アサ科 | 遊佐町 | 岡田のムクノキ（遊佐町） | 県指定 |
| エゾエノキ | アサ科 | 米沢市 | 長町裏のエゾエノキ(米沢市） | 県指定 |
| アサ科 | 米沢市 | 長町裏のエゾエノキ（米沢市） | 県指定 | |
| アサ科 | 庄内町 | ナンジャモンジャの木（旧立川町） | 市町村指定 | |
| ヤマクワ | クワ科 | 米沢市 | 山上の大クワ（米沢市） | 県指定 |
| クワ | クワ科 | 新庄市 | 原蚕の杜のクワ（新庄市） | 市町村指定 |
| ヤマグリ | ブナ科 | 西川町 | 大井沢の大栗（西川町） | 県指定 |
| ブナ | ブナ科 | 新庄市 | 山の神神社のブナ林（新庄市） | 市町村指定 |
| ブナ科 | 鮭川村 | 泉川八幡神社のブナ（鮭川村） | 市町村指定 | |
| ミズコナラ | ブナ科 | 大蔵村 | 白須賀のミズコナラ（大蔵村） | 市町村指定 |
| コナラ | ブナ科 | 大石田町 | ワラ口のコナラ（大石田町） | 市町村指定 枯死解除 |
| アベマキ | ブナ科 | 高畠町 | 日向のアベマキ(高畠町） | 県指定 枯死解除 |
| ブナ科 | 高畠町 | 竹森のアベマキ（高畠町） | 県指定 | |
| シラカシ | ブナ科 | 山形市 | 愛染神社のシラカシ（山形市） | 山形市保存樹木 |
| ヤナギ | ヤナギ科 | 戸沢村 | 津谷の大柳（戸沢村） | 市町村指定 |
| イタヤカエデ | ムクロジ科 | 新庄市 | 角沢のイタヤカエデ（新庄市） | |
| トチノキ | ムクロジ科 | 最上町 | 富沢のトチノキ(最上町） | 県指定 |
| ユズ | ミカン科 | 酒田市 | 土淵のユズ(旧松山町） | 県指定 |
| オオバボダイジュ | アオイ科 | 尾花沢市 | 尾花沢市楚町のマダの木 | なし |
| シナノキ | アオイ科 | 鶴岡市 | 池の平のシナノキ（旧朝日村） | 市町村指定 |
| ミズキ | ミズキ科 | 舟形町 | 木友のミズキ | |
| ヒサカキ | モッコク科 | 鶴岡市 | 曹源寺のヒサカキ（旧温海町） | 県指定 |
| カキノキ | カキノキ科 | 鶴岡市 | 庄内柿の原木（鶴岡市） | 市町村指定 |
| ヤチダモ | モクセイ科 | 小国町 | 飯豊山のヤチダモ（小国町） | 森の巨人百選 |
| ヒイラギ | モクセイ科 | 山形市 | 平清水のひいらぎ（山形市） | 県指定 |
| ハリギリ | ウコギ科 | 舟形町 | 柴山夫婦センノキ（舟形町） | |
| ウコギ科 | 鮭川村 | 鶴田野のハリギリ（鮭川村） | 市町村指定 | |
| 社叢 | 社叢 | 庄内町 | 熊野神社の森（旧立川町） | 市町村指定 |
